甘州区疾病预防控制中心前身为张掖市卫生防疫站，2004年更名为甘州区疾病预防控制中心，从建站到中心成立已有60多年历史，是实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的Ⅰ类公益事业单位，承担全区突发公共卫生事件应急处置，鼠疫、霍乱、艾滋病、不明原因肺炎、寨卡等重大、新发传染病的监测预警与疫情防控，公共卫生监测，地方病、慢性非传染性疾病防控，基本公共卫生服务项目技术指导和健康教育等工作任务。

中心现有在编干部64人，专业技术人员58人，正高1人，副高9人，本科以上学历占73.24％。设卫生应急传防科、地方病慢性病控制科、卫生监测科、性病艾滋病防治科等11个职能科室，建有水质理化室、血清学实验室、病原微生物实验室、艾滋病初筛初筛实验室、地方病实验室、核酸实验室等18间实验室。

近年来，在各级政府、卫生行政部门、业务主管部门的关心支持下，顽强抗击新冠疫情，各项业务工作取得较好成绩，先后荣获“全国基层疾控先进集体”“全省H7N9疫情防控先进集体”“全省新冠肺炎疫情先进单位”“全省先进基层党组织”“张掖市新冠疫情防控工作先进集体”“张掖市五一劳动奖”等荣誉称号，成功创建市级精神文明单位，恶性肿瘤随访登记数据被《五大洲癌症发病率》收录，开创另外我省肿瘤登记工作新纪元。